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DNA
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składa się z podstawowych jednostek - nukleotydów
Nukleotyd
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składa się z zasady azotowej, 2- deoksyrybozy i fosforanu
szkielet każdej nici składa się z
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deoksyrybozyi grup fosforanowych ułożonych naprzemiennie
grupa fosforanowa
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związana z 5'-C jednej deoksyrybozy (wiązania 5'->3' fosfodiestrowe)
dwa pasma DNA są
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antyrównoległe tzn. jedno pasmo ma kierunek 5'->3' a drugie 3'->5'
puryny i pirymidyny są związane
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wiązaniem glikozydowym z deoksyrybozą i skierowane do osi heliksu
dwie zasady leżące naprzeciwko siebie
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tworzą wiązania wodorowe tworząc parę zasad
Adenina
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tworzy podwójne wiązanie z tyminą
guanina
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tworzy potrójne wiązanie z cytozyną
wiązania wodorowe
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zapewniają stabilność heliksu
odległość miedzy sąsiednimi zasadami wynosi
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3,4 A
jeden obrót heliksu to
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10 par nuklotydów, czyli 35,7 A
średnia heliksu wynosi
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2,2-2,6 nm
heliks ma
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dwie bruzdy szerszą i węższą
DNA wystepuje w trzech konformacjach:
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A- bezwodnej, B- uwodnionej (natywnej), Z- lewoskrętnej
tri- fosforany deoksynukleotydów (dNTP) są
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substratami w syntezie DNA
Wiązanie glikozydowe w nukleotydzie
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powstaje między zasadą azotową i gr. OH deoksyrybozy
Wiązanie fosfodiestrowe
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powstaje pomiędzy3' - hydroksylową resztą cukrową jednego deoksyrybonukleotydu a grupą 5' - fosforanową następnej deoksyrybozy
szkielet DNA tworzą
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deoksyrybozy połączone wiązaniem estrowym z fosforanami
fosforany
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nadają kwasowy charakter cząsteczce DNA
mały i duży rowek w DNA postaje z powodu
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niesymetrycznego układu wiązań glikozydowych między zasadami i deoksyrybozą
duży rowek jest miejscem
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interakcji czynników transkrypcyjnych z DNA
Słabe wiązania wodorowe między nićmi w DNA mogą
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łatwo pękać w obecności czynnika denaturującego (temperatura, alkalia)
DNA ulega
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odwracalnej denaturacji (renaturacji) po usunięciu czynnika denaturującego
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